FZero: Eu não programo em java, mas uso algumas ferramentas que exigem que essa variável seja definida. Pelo que eu saiba, é uma exigência comum caso você faça algo mais complicado do que abrir sites com applets irritantes.

Até antes do famigerado update, a configuração JAVA_HOME=/usr funcionava – e não tinha por quê não funcionar, afinal os arquivos necessários estavam linkados corretamente em /usr. O upgrade da Apple modificou esses links erradamente e quebrou tudo. E lá fui eu correr atrás daquele folder bizarro onde a Apple acha que o java deve morar.

Quanto à (dis)funcão da Apple no assunto: caso você não saiba, a Sun não distribui uma versão específica de Java para OS X. Esse trabalho sujo é (mal-)feito pela Apple. Essa não-ingerência da Sun abre espaço para barbeiragens como esse update mal feito.